As ações e serviços de saúde, executados pelo SUS, seja diretamente ou mediante participação complementar da iniciativa privada, serão organizados de forma regionalizada e hierarquizada em níveis de complexidade crescente. 

A direção do SUS é única, sendo exercida em cada esfera de governo pelos seguintes órgãos: no âmbito da União, pelo Ministério da Saúde; no âmbito dos Estados e do Distrito Federal, pela respectiva Secretaria de Saúde ou órgão equivalente; no âmbito dos Municípios, pela respectiva Secretaria de Saúde ou órgão equivalente.

É terminantemente proibido aos municípios constituir consórcios para desenvolver em conjunto as ações e os serviços de saúde que lhes correspondam. 

No nível municipal, o SUS, poderá organizar-se em distritos de forma a integrar e articular recursos, técnicas e práticas voltadas para a cobertura total das ações de saúde.

Os Conselhos de Secretarias Municipais de Saúde (Cosems) são reconhecidos como entidades que representam os entes municipais, no âmbito estadual, para tratar de matérias referentes à saúde, desde que vinculados institucionalmente ao Conasems, na forma que dispuserem seus estatutos.