Na síntese teórica, ambas as cadeias de DNA são expostas igualmente, permitindo a transcrição de qualquer uma delas, enquanto na célula, apenas uma cadeia é copiada na direção 3' →5'.

Na hipótese teórica, os ribonucleotídeos se pareiam simultaneamente com os desoxirribonucleotídeos complementares do DNA, ao passo que, na célula, os ribonucleotídeos são adicionados um a um, sem a necessidade de pareamento simultâneo.

A hipótese teórica prevê a separação completa das cadeias de DNA durante a síntese de RNA. Na célula, apenas um segmento de cerca de 10 pares de nucleotídeos é separado, formando uma bolha de transcrição.

Na célula, a transcrição segue na direção 3' →5', o que corresponde à cadeia transcrita do DNA. Já a hipótese teórica sugere uma direção oposta: 5' →3'.

A sequência do gene é definida pela cadeia 3' →5' do DNA na célula, contrariando a hipótese teórica, que propõe a definição pela cadeia 5' →3'.