Quando forem identificados animais suspeitos de zoonoses ou enfermidades infectocontagiosas, ou animais que apresentem reação inconclusiva ou positiva em testes diagnósticos para essas enfermidades, o abate deve ser realizado em separado dos demais animais, adotadas as medidas profiláticas cabíveis.

Quando forem constatados casos isolados de doenças não contagiosas que permitam o aproveitamento condicional ou impliquem a condenação total do animal, este deve ser abatido por primeiro ou em instalações específicas para este fim. 

As carcaças de animais que tenham morte acidental nas dependências do estabelecimento, mesmo que imediatamente sangrados, devem obrigatoriamente ser totalmente condenadas.

O abate de animais desacompanhados de documentos de trânsito somente é permitido se esses documentos forem entregues em até 24 horas após o início do abate.

Fêmeas com sinais de parto recente ou aborto somente poderão ser abatidas após, no mínimo, cinco dias contados da data do parto, desde que não sejam portadoras de doença infectocontagiosa.