Na resolução de casos forenses, a utilização de marcadores genéticos situados no cromossomo X é bem mais recente que o emprego dos marcadores genéticos situados em cromossomos autossômicos e Y. Atualmente têm sido analisados marcadores do tipo STRs, havendo já alguns kits disponíveis no mercado. Diferentemente do que se dá com o cromossomo Y, os marcadores do cromossomo X não são herdados como um haplótipo, e sim como um conjunto de haplótipos.