Infecção hospitalar é aquela adquirida após admissão do paciente ao hospital e que se manifesta somente durante a internação do mesmo; nesse caso, o farmacêutico pouco consegue intervir na sua prevenção.

Por meio de sua importante participação nas Comissões de Controle de Infecção Hospitalar (CCIH), o farmacêutico pode confirmar infecções através de exames microbiológicos, pesquisa de antígenos ou anticorpos.

As infecções nos recém-nascidos são caracterizadas como hospitalares quando ocorrem de forma transplacentária ou quando associadas à bolsa rota superior a 24 horas. Nesses casos, o farmacêutico não pode realizar prevenção de forma significativa.

As cirurgias limpas não propiciam risco zero para adquirir-se infecção hospitalar e dispensam a atuação do farmacêutico na prevenção de infecções hospitalares; uma vez que são seguras, dispensam também a atuação desse profissional no processo cirúrgico.