A limpeza periódica envolve itens cuja frequência de limpeza necessita ser diária, por se sujar com facilidade e ou por estarem diretamente relacionados com a infecção direta do sítio cirúrgico.

A limpeza do centro cirúrgico deve ser feita de maneira igual, de forma criteriosa em todas as cirurgias, acreditando que todas são contaminadas. A limpeza preparatória é realizada antes da cirurgia programada, com panos limpos e álcool 70% nas superfícies horizontais.

A limpeza concorrente é executada no término do dia. Envolve procedimentos de retirada dos artigos sujos da sala, limpeza das superfícies horizontais dos móveis e equipamentos.

O instrumental cirúrgico deve ser colocado fechado em caixas perfuradas (usando luvas) e encaminhado ao expurgo da central de materiais e esterilização (CME) o mais cedo possível para o reprocessamento.