Nos governos Sarney e Collor (1985-1990), o SEBRAE, então denominado Centro Brasileiro de Assistência Gerencial à Pequena Empresa (CEBRAE), passou a ser vinculado ao Ministério da Indústria e Comércio, período em que enfrentou crises por instabilidade orçamentária.

Atualmente, o SEBRAE alcançou a posição de órgão público autônomo, sem fins lucrativos, mantido por repasses de grandes empresas, o que possibilitou a ampliação de sua estrutura de atendimento para todos os estados do país. 

A história do SEBRAE inicia-se com a sua criação institucional em 1972, por iniciativa do Banco Nacional de Desenvolvimento Econômico e do Ministério do Planejamento.

A atuação política do SEBRAE surge a partir da promulgação da Constituição Federal de 1988, que inseriu em seu texto o dever de o Estado promover a criação e o desenvolvimento das microempresas e pequenas empresas.