As vacinas virais vivas atenuadas de sarampo, caxumba e rubéola não devem ser aplicadas simultaneamente à vacina de febre amarela, na primovacinação, em crianças menores de dois anos de idade.

Reações alérgicas de tipo tardio, que ocorram após 48 a 96 horas da vacinação, representam risco de vida e contraindicam o uso das vacinas.

Nas situações de imunodepressão programada, como transplante de órgãos sólidos, quimioterapia, uso de drogas modificadoras da resposta imune e outras, a imunização com vacinas de antígenos não vivos deve ser realizada duas semanas antes da imunossupressão e as vacinas de antígenos vivos devem ser suspensas.

Crianças com alergia a ovo têm contraindicação de receber a vacina para o vírus influenza, devido ao risco de reação anafilática ao componente da vacina. 

Crianças expostas ao HIV não devem receber vacinas vivas atenuadas como BCG, vacina oral de rotavírus humano e vacina oral para poliomielite.