Para roedores, recomenda-se que o transporte seja feito em caixas de papelão, observando-se os cuidados com segurança e ventilação.

Durante o transporte, é proibida a oferta de alimento e água, independentemente da espécie que esteja sendo transportada. 

As caixas de transporte contendo animais devem ser empilhadas uma sobre as outras de modo que facilite a acomodação delas no veículo de transporte, diminuindo o risco de se deslocarem no interior do veículo durante o trajeto.

Deve-se ter cuidado nos locais nos quais as gaiolas são apoiadas. Nunca se deve colocar as gaiolas contendo animais no chão, assim como elas não devem ser empilhadas. 

Para o transporte interno (dentro da mesma instituição), de uma instalação de produção (biotério de produção) para uma instalação de experimentação (biotério de experimentação) dentro do mesmo campus, é obrigatória a emissão do Guia de Transporte Animal (GTA), emitida pelo médico veterinário responsável técnico do biotério.