Existe um consenso de que os três atuais patógenos mais fortemente associados a doenças periodontais destrutivas são: o primeiro, Aggregatibacter actinomycetemcomitans, seguido de Porphyromonas gingivalis e Prevotella intermedia. 

Os biofilmes orais são compostos de microcolônias de células bacterianas (15-20%), distribuídas de maneira aleatória em uma matriz delineada ou glicocálice (75-80% em volume). 

A matriz de exopolímeros de um biofilme, embora por si só não seja uma barreira significativa contra a difusão dos antibióticos, apresenta certas propriedades que podem retardá-la; porém, antibióticos hidrofóbicos, como os macrolídeos, não são afetados por esse processo. 

Para um patógeno periodontal efetivamente colonizar os sítios subgengivais, basta apenas que uma determinada espécie seja capaz de aderir a uma ou mais superfícies disponíveis e multiplicar-se. 

Com relação a indivíduos HIV-positivos e com diabetes, a suscetibilidade alterada no hospedeiro pode modificar a intensidade de progressão da doença nos indivíduos afetados, e, de modo geral, os patógenos periodontais são provavelmente mais agressivos do que os observados nos indivíduos não comprometidos.