A formação histórica de Araguaína esteve associada à criação do estado do Tocantins, momento em que o antigo núcleo de Lontra foi transformado diretamente em município autônomo.

A ocupação não indígena da região ocorreu em área anteriormente habitada por grupos indígenas, articulando-se à fixação de famílias migrantes, ao uso econômico das margens do rio Lontra e a sucessivas redefinições simbólicas e administrativas do povoado.

A denominação Araguaína foi adotada desde a origem do povoado, permanecendo inalterada durante sua vinculação administrativa a São Vicente do Araguaia, Boa Vista do Tocantins e Filadélfia.

O núcleo inicial surgiu como posto administrativo planejado pelo governo goiano, com traçado urbano regular, função comercial definida e controle fundiário estabelecido desde sua fundação.