As lagoas facultativas têm boa eficiência na remoção de organismos patogênicos por propiciar condições ambientais adversas para esses microrganismos, como a luz solar.

As lagoas de alta taxa têm as menores dimensões de comprimento e largura, porém, têm maior profundidade, e é por esse motivo que praticamente não ocorre fotossíntese nesse tipo de lagoa — o que a caracteriza como um sistema predominantemente anaeróbio.

Nas lagoas aeradas facultativas, o tratamento ocorre em meio totalmente aeróbio devido à presença de aeradores mecânicos responsáveis por disponibilizar oxigênio, inclusive no fundo da lagoa. 

A depender da área a ser disponibilizada para a instalação de uma unidade de tratamento, é factível a utilização de lagoas anaeróbicas seguidas de lagoas facultativas, para que se tenha uma eficiência superior, visto que a lagoa anaeróbia reduz a carga da demanda bioquímica de oxigênio (DBO) que chegará na lagoa facultativa.  

As lagoas de maturação constituem um pré-tratamento de processos que objetivem a remoção de algas, de modo que, para esse fim, são usualmente construídas com divisões por chicanas.