Tema central: Pontuação — especialmente no uso de vírgulas em orações subordinadas adjetivas (explicativas e restritivas), além de adjuntos adverbiais deslocados e vocativo.

Justificativa para a alternativa correta – D:
Em Minha irmã, que mora em São Paulo, é gerente., o trecho “que mora em São Paulo” é uma oração subordinada adjetiva explicativa, pois está isolada por vírgulas e acrescenta uma informação acessória ao termo principal (“minha irmã”, considerada única no contexto da frase).
Se removermos as vírgulas, a oração passa a ser restritiva: Minha irmã que mora em São Paulo é gerente. Nesse caso, o sentido muda: agora, indica que, entre possíveis irmãs, é apenas a que mora em São Paulo que é gerente. A função sintática da oração se altera, passando de uma explicação (aposto explicativo, segundo alguns gramáticos) para uma restrição (adjunto adnominal restritivo).

Segundo Bechara (“Moderna Gramática Portuguesa”) e Cunha & Cintra (“Nova Gramática do Português Contemporâneo”), orações restritivas restringem o sentido do antecedente e não usam vírgulas; orações explicativas ampliam/exploram o sentido e vêm entre vírgulas.

Análise das demais alternativas:

A) Decidimos que, à noite, verificaremos a situação.
“À noite” é um adjunto adverbial de tempo deslocado; a vírgula marca apenas essa inversão. Tirando a vírgula, “à noite” permanece com a mesma função sintática.

B) O negócio, dona Maria, é que eu não aguento mais!
“Dona Maria” é um vocativo. Com ou sem vírgulas, sua função de chamar/convocar o interlocutor não muda.

C) Ao longo do dia, vamos conferir as provas.
“Ao longo do dia” também é adjunto adverbial deslocado, semelhante ao caso da alternativa A. A vírgula sinaliza ordem dos termos, mas não modifica a função do termo.

Conclusão / Estratégia:
Perceba que só na alternativa D, a retirada das vírgulas muda o sentido e a sintaxe da oração (de explicativa para restritiva). Nas outras, a vírgula apenas marca inversão, ênfase ou isolamento do vocativo.
Dica de concursos: preste sempre muita atenção às vírgulas em orações relativas e aprenda a diferenciar explicativas de restritivas!

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Resposta letra D, pois trata-se de uma oração subordinada explicativa. Caso as vírgulas fossem retiradas, se transformaria em restritiva, alterando a sintaxe do termo. O mesmo não ocorre nos demais casos.

Em "O negócio, dona Maria, é que eu não aguento mais!" Se a vírgula for retirada, a frase se tornaria "O negócio dona Maria é que eu não aguento mais!", o que mudaria a interpretação da frase, já que "dona Maria" deixaria de ser um vocativo (chamando a pessoa) e passaria a ser interpretada como parte do sujeito?

Juro que a justificativa anterior trouxe a mesma dúvida que eu tive.

A alternativa correta é:

B. O negócio, dona Maria, é que eu não aguento mais!

Retirando as vírgulas em torno de "dona Maria", essa expressão deixa de ser um vocativo e passa a ser um aposto de "o negócio", alterando sua função sintática

Para mim seria a letra B, POIS DONA MARIA passaria a ser sujeito.

No caso da letra D ambas são orações adjetivas, porém uma seria explicativa e outra restritiva .