Integram o sistema de controle interno o órgão central, os setoriais, as unidades setoriais e as unidades regionais. O órgão colegiado é a comissão de coordenação de controle interno (CCCI). Essa comissão é presidida pelo titular do órgão central, ou seja, o chefe da Secretaria Federal de Controle Interno do Ministério da Fazenda, e pelos titulares dos órgãos setoriais, com o objetivo de integrar e harmonizar tudo o que for de competência do sistema.