Fundamento decisivo: A resolução depende da classificação sintática das orações no período: nas alternativas A, B, C e D, a oração subordinada exerce função típica de substantivo; já em "Todos se retiraram embora não tivessem terminado a prova.", a oração introduzida por "embora" tem valor concessivo e, por isso, é subordinada adverbial concessiva. Assim, E é a única alternativa em que não ocorre oração subordinada substantiva.

• Classifique a oração pela função sintática que ela exerce no período, e não apenas pelo conectivo.
• Se a oração ocupar lugar de sujeito, objeto ou complemento nominal, ela terá valor substantivo.
• Conectivos como "embora" indicam concessão e apontam para oração subordinada adverbial.
• Em perguntas indiretas, a oração pode ter valor substantivo mesmo quando introduzida por palavras como "quando".