Assinale a alternativa em que não ocorre oração subordinada ...

A alternativa que não é oração subordinada substantiva é a alternativa E.
A-) Oração subordinada substantiva subjetiva
B-) Oração subordinada substantiva objetiva direta
C-) Oração subordinada substantiva completiva nominal
D-) Oração subordinada substantiva objetiva direta
E-) Oração subordinada adverbial concessiva, e a vírgula antes da conjunção embora não é obrigatória, pois a oração subordinada vem depois da oração principal.

Letra d
Perguntaram quando ele chegaria.
Fiquei em dúvida em relação a essa, por causa da conjunção "quando".
Nas orações subordinadas substantivas as conjunções usadas não são apenas o "que"e o "se"?

e)Todos se retiraram embora não tivessem terminado a prova.

Oração sdubordinada adverbial concessiva. Conjunções/locuções concessivas: embora, apesar de, não obstante, ainda que etc