A FUNASA atua em todo o território do país, mas concentra-se especialmente em áreas com altos índices de pobreza e necessidades de infraestrutura básica de saúde. Seu foco principal é atender comunidades indígenas, quilombolas e ribeirinhas, bem como populações que vivem em áreas rurais e periféricas urbanas, onde o acesso aos serviços de saúde é restrito. O relatório final do Plano Nacional de Saúde e Meio Ambiente em Desenvolvimento Sustentável, Direções para Implementação, é uma análise minuciosa e crítica das principais questões de saúde e meio ambiente do país, levantando questões como: