Quando a giardíase é suspeita, mas o organismo não é encontrado em exames repetidos de fezes, a análise de conteúdos duodenais obtidos por aspiração direta pode ser diagnóstica.

Os testes imunoenzimáticos específicos (ELISA, sigla do inglês Enzyme-Linked Immunosorbent Assay) e de imunofluorescência direta nas fezes são atualmente empregados para o diagnóstico de giardíase.

O método tradicional de EPF explora a etapa de fixação do patógeno, com o uso de solução conservante (formol a 10% m/m), e a etapa de coloração do parasito com PatMorf-35^® para identificação da morfologia. 

O diagnóstico parasitológico é realizado pela demonstração de cistos e trofozoítos nas fezes. Os cistos, geralmente, são encontrados nas fezes dos indivíduos com giardíase sintomática ou assintomática; o encontro de trofozoítos ocorre em infecções sintomáticas.