Há casos em que o patógeno se transmite a uma granja e não há como atribuir ou correlacionar a nenhuma evidência. Além disso, há algumas doenças cuja via de transmissão ainda é desconhecida. Um exemplo é a PMWS (síndrome multissistêmica de refugagem de suínos) / PCVAD (doenças associadas ao circovírus suíno).

É possível eliminar o vírus da PRRS (Síndrome Respiratória e Reprodutiva Suína) de um rebanho reprodutor por meio de técnicas de “teste – eliminação” de animais infectados, mesmo que o sêmen ainda provenha de um centro sorologicamente positivo para PRRS. 

Evitar a infecção da granja pela via direta do suíno significa que a granja deve ficar isolada de outros suínos e atividades relacionadas. Além disso, deve ficar longe das rotas de transporte de suínos e ter perímetros seguros para impedir o acesso de suínos extraviados ou selvagens.

Muitos patógenos são propagados pelos dejetos, eles estão presentes nas fezes e na urina e são disseminados para diferentes granjas quando transportados mecanicamente (em um veículo, por exemplo) ou quando utilizados como dejetos líquidos no solo próximo a outra granja.  

Entre os exemplos de patógenos que podem ser propagados pela água, destacamse a E. coli, Salmonella e PRRS (Síndrome Respiratória e Reprodutiva Suína). Para controlar a disseminação na água, recomenda-se o uso de um desinfetante de amplo espectro que possa ser usado como desinfetante final e durante o período em que os suínos estejam consumindo água.