No pós-operatório tardio, as complicações mais frequentes são a fístula digestiva e a trombose venosa profunda, possível causa do tromboembolismo pulmonar, entidade clínica de gravidade maior. 

Após a derivação gástrica em Y de Roux, a prevalência de colelitíase tem sido referida entre 24 a 52%. A prevalência de colelitíase após a derivação biliopancreática é maior ainda, o que faz com que a colecistectomia profilática seja complemento obrigatório dessa operação. 

A doença metabólica óssea é um fator de risco em longo prazo da derivação gástrica, sendo que a hipocalemia pode levar ao desenvolvimento de hiperparatireoidismo secundário.

No pós-operatório imediato, as complicações relacionadas diretamente ao procedimento cirúrgico (sobretudo nas laparotômicas) são as hérnias incisionais. 

A redução na ingestão dos alimentos decorrente do componente restritivo, mais acentuado na derivação biliopancreática, e sobretudo a disabsorção decorrente da derivação gastrointestinal, mais acentuada na derivação gástrica em Y de Roux, podem levar a complicações nutricionais.