O prazo para apresentação das prestações de contas é de até 60 dias após o encerramento da vigência ou a conclusão da execução do objeto, o que ocorrer primeiro. 

A análise da prestação de contas feita pelo concedente, no encerramento do convênio, tem por base a documentação registrada no Sistema de Gestão de Convênios e Contratos de Repasse, e conta com a presunção de legitimidade própria dos atos administrativos, equipando-se a uma auditoria contábil.

O dever de prestar contas de convênios firmados por seus antecessores não se transfere para eventuais sucessores.

Quando a impossibilidade de prestar contas decorrer de ação ou omissão do antecessor, o novo administrador estará isento do dever de prestar contas e deverá denunciar o convênio, o depósito e os juros moratórios, se houver.

Recebida a prestação de contas, a autoridade competente do concedente terá o prazo de 60 dias para analisar a prestação de contas do instrumento, com fundamento no parecer técnico e no financeiro expedidos pelas áreas competentes.