O uso indiscriminado de antibióticos na terapêutica ou profilaxia está intimamente relacionado ao surgimento de resistência bacteriana, que traz como consequências para o próprio paciente e para a população em geral a redução da efetividade terapêutica dos antimicrobianos.

A amoxicilina está entre os antibióticos utilizados na profilaxia da endocardite infecciosa. 

A profilaxia se baseia na busca pela obtenção de concentrações máximas de antimicrobiano nos tecidos no momento da cirurgia e pela garantia da administração pelo período mais curto possível.

A antibioticoprofilaxia elimina completamente o risco de infecções associadas aos procedimentos odontológicos.

Na Odontologia, os antibióticos profiláticos são utilizados para evitar endocardite infecciosa, falha de implante dentário e em algumas outras situações clínicas.