Os DSEI são divisões administrativas do Ministério da Saúde, que repassam recursos para os polos-base e Unidades Básicas de Saúde Indígena (UBSI), sendo que a atenção à saúde indígena é gerida de forma independente em cada aldeia e por suas lideranças. 

Os DSEI são unidades de saúde que atuam diretamente nas aldeias, oferecendo atendimento médico e odontológico, e são a principal interface entre o SasiSUS e o Sistema Único de Saúde (SUS), sem necessitar de polos-base ou outras estruturas de apoio. 

Os DSEI são unidades gestoras descentralizadas do SasiSUS, responsáveis por ações de atenção básica e saneamento, e sua estrutura inclui polos-base, Unidades Básicas de Saúde Indígena (UBSI) e Casas de Saúde Indígena (Casai), que juntas garantem o acesso à saúde.

Os DSEI são responsáveis pelo monitoramento epidemiológico e vigilância sanitária, enquanto as Equipes Multidisciplinares de Saúde Indígena (Emsi), que pertencem a outro órgão independente, são responsáveis pelas ações de atenção básica e especializada em cada aldeia. 

Os DSEI são estruturas focadas na atenção especializada, sendo responsáveis pelo encaminhamento de pacientes para hospitais de referência. As ações de atenção primária são realizadas por equipes itinerantes que atuam diretamente nas aldeias, sem a necessidade de apoio dos equipamentos do DSEI.