A infertilidade nos cães que apresentam libido normal e capacidade de cobertura pode decorrer da ausência de ejaculação ou ejaculação incompleta, ou ainda da qualidade seminal alterada. A subfertilidade é definida como uma taxa de concepção inferior a 75%, quando o cão copula apropriadamente com uma fêmea normal.

Qualidade seminal alterada pode dever-se a defeitos congênitos como hiperplasia testicular, síndrome ciliar imóvel, anormalidades cromossômicas, criptorquidismo uni ou bilateral ou anormalidades do plasma seminal em decorrência de doenças prostáticas ou orquites/epididimites.

Qualquer alteração hormonal pode intervir no eixo hipotálamo/hipófise e influenciar a espermatogênese e a fertilidade. Esse problema pode ser permanente, mas em alguns casos é bastante grave. 

Tumores testiculares podem ser responsáveis por secreção hormonal diminuída (tumores das células de Sertoli), causando a diminuição da espermatogênese, mesmo quando esses tumores são pequenos e localizados em um dos testículos. 

O hipertireoidismo geralmente causa infertilidade, em especial nas raças grandes. A tiroxina e o hormônio tireoestimulante (TSH) devem ser sistematicamente analisados quando da investigação da condição hormonal de um cão infértil.