Enquanto o servidor JBoss possui suporte parcial à Jakarta EE, o Tomcat possui suporte completo. 

Sobre o suporte a EJB, o servidor JBoss não possui suporte, o que não ocorre com o servidor Tomcat.

O uso do JBoss é fortemente indicado para aplicações Java corporativas robustas, com muitos módulos, enquanto o Tomcat é indicado para uso de APIs REST e aplicações web simples com foco em microsserviços.

A administração no JBoss é baseada em XML e CLI, enquanto a do Tomcat é baseada em console web e CLI.

Uma das indicações do JBoss é o uso em ambientes que necessitem de inicialização rápida e desempenho, enquanto, para o Tomcat, é recomendado o uso em ambientes empresariais que requerem integração com soluções como BPM, ESB ou sistemas legados.