As ameaças de ocupação francesa e holandesa no litoral da América portuguesa, e a diminuição do comercio oriental com as Índias, alteraram a relação dos portugueses com a colônia que se viram obrigados a ocupar o território para protege-lo dos invasores. Para isso, introduziu-se a produção de engenhos de açúcar e a divisão da colônia em capitanias hereditárias, destas, apenas duas se tornaram viáveis, a primeira, cujo donatário era Martim Afonso de Sousa, e a segunda pertencente a Duarte Coelho, eram respectivamente: