Antes da PCR, a detecção de polimorfismos se dava por sondas marcadas radioativamente ou quimicamente, as quais eram hibridizadas em membrans contendo DNA-alvo.

Uma PCR tipicamente realiza-se em volumes pequenos, de 10 a 100 microlitros, e a quanrtidade de DNA a ser adicionada depende da quantidade estimada de DNA-alvo que exista na amostra.

Um dos fatores mais importantes que influenciam a técnica da PCR é a complexidade do genoma a ser estudado, como por exemplo: em 1ng de DNA de E. coli, existem aproximadamente 240.000 genomas, enquanto que, na mesma quantidade de DNA humano, existem apenas cerca de 300 genomas.

O tamanho do fragmento que será amplificado não influencia o sucesso da reação. Entretanto, o ideal é que os fragmentos a serem amplificados possuam acima de 6 mil pares de bases.

O pH ideal de uma PCR é 7,5, pois enzimas polimerases Taq do DNA têm seu ótimo nessa faixa. Entretanto, os tampões utilizados têm valores mais altos de pH em temperatura ambiente (8,5 à 9,0).