Pode concordar com o percentual que é parte do sujeito.

1. O percentual dos recursos aplicados.
2. O percentual dos recursos aplicado.

Altera o sentido, pois foram aplicados apenas uma parte dos recursos.

1. No plural fala do percentual dos recursos que já foram aplicados por inteiro.
2. No singular fala que apenas de um percentual dos recursos foram aplicados.

Banca pediu correção gramatical, portanto é ignorada a mudança de sentido, nesse caso: CERTO

A questão trata de concordância nominal e não verbal.

O verbo " aplicados ' na forma verbal Participio pode concordar com recursos ou percentual.