As funções anatômicas são centralmente controladas, sendo que o hipotálamo é o principal centro de controle visceral. O córtex cerebral regula parte dele, como as reações viscerais involuntárias e a vasoconstrição e palidez em resposta ao medo, por exemplo.

 O hipotálamo é responsável pela manutenção da homeostase por meio da influência sobre o sistema neuroendócrino para ajustes rápidos e sobre o sistema nervoso somático para ajustes em longo prazo. 

Os estímulos provenientes de determinadas porções do hipotálamo provocam inibição das contrações da bexiga, e diminuição dos movimentos intestinais. 

Através do controle da hipófise, o hipotálamo pode desempenhar um papel na regulação do equilíbrio térmico do corpóreo.