a desnaturação da dupla fita de DNA é gerada pelo aumento de temperatura, o anelamento dos oligonucleotídeos ocorre em sequências específicas do alvo de interesse a ser amplificado e a extensão da cadeia pela enzima Taq I DNA.

a temperatura de anelamento é específi ca para cada ensaio uma vez que é diretamente dependente da composição de bases (A+T e C+G), cada sequência de oligonucleoơtídeos possui seu próprio Tm (“Melting Temperature”- temperatura onde 60% dos oligonucleotídeos estão anelados à fita molde).  

a eficiência da reação é avaliada pelo slope, onde E = 10 ^(-1/slope) - 1

a definição do Tm da reação não é um fator essencial e crítico para a realização de uma reação de PCR com desempenho satisfatório. 

o número de ciclos necessários para uma reação chegar na fase exponencial independe da quantidade de material no início da reação, ou seja, quanto maior a quantidade de DNA ou RNA no início da reação menor o Ct (Ct - “Ciclo Threshold”) que será detectado.