Os sistemas municipais de saúde apresentam níveis diferentes de complexidade, sendo comum estabelecimentos ou órgãos de saúde de um município atenderem usuários encaminhados por outro.

Na relação, mediada pelo estado, tem como instrumento de garantia a programação pactuada e integrada na CIB regional ou estadual e submetida ao Conselho de Saúde correspondente.

A gerência (comando) dos estabelecimentos ou órgãos de saúde de um município é da pessoa jurídica que opera o serviço, sejam estes estatais (federal, estadual ou municipal) ou privados.

O gestor do sistema municipal é responsável pelo controle, pela avaliação e pela auditoria dos prestadores de serviços de saúde (estatais ou privados) situados em seu município. No entanto, quando um gestor municipal julgar necessário uma avaliação específica ou auditagem de uma entidade que lhe presta serviços, localizada em outro município, recorre ao Conselho Municipal de Saúde. 

Os recursos destinados ao pagamento das diversas ações de atenção à saúde prestadas entre municípios são alocados, previamente, pelo gestor que demanda esses serviços, ao município sede do prestador.