A disbiose é definida como um aumento na diversidade microbiana associado a doenças como obesidade e diabetes tipo 2, e o transplante de microbiota fecal (FMT) é o tratamento de escolha para restaurar a homeostase em pacientes com asma atópica.

A disbiose refere-se a uma alteração na composição, diversidade ou metabólitos do microbioma que predispõe a doenças como infecção por Clostridioides difficile, sendo o FMT um método efetivo de tratamento, embora não sem riscos. 

Na disbiose cutânea, há predominância de Staphylococcus aureus não patogênico que promove a cicatrização de feridas, e o FMT oral é utilizado para corrigir deficiências em dermatite atópica. 

A disbiose intestinal está diretamente ligada ao desenvolvimento de alergia alimentar por meio de aumento em peptídeos antimicrobianos, e a manipulação dietética é superior ao FMT para reverter o quadro em doença de Crohn.

A disbiose é primariamente causada por uso crônico de probióticos, levando à predisposição para vaginose bacteriana crônica, em que o FMT é contraindicado devido ao risco de superinfecção fúngica.