A aplicação de cálculos de correção e do fator de equivalência em insumos farmacêuticos ativos utilizados na fabricação de medicamentos não é atividade passível de fiscalização pelas autoridades sanitárias e por fiscais dos conselhos regionais. 

Salas destinadas à manipulação e envase de preparações estéreis devem ser independentes e exclusivas, dotadas de filtros de ar para retenção de partículas e micro-organismos e possuir cascata de pressão em relação às salas adjacentes, que impeça a entrada de contaminantes.  

A água para preparação de medicamentos estéreis em farmácias magistrais deve ser analisada imediatamente antes do uso na manipulação, para pesquisa da condutividade e presença de endotoxinas bacterianas e, em caso de desvios, medidas corretivas e preventivas devem ser estabelecidas e registradas.

A atividade de transformação de especialidade farmacêutica em outra forma farmacêutica e concentração é permitida na farmácia magistral, desde que seja para adequação da farmacoterapia às necessidades terapêuticas do paciente, e a especialidade não esteja disponível na mesma forma de apresentação e concentração.