A causa da doença intestinal inflamatória não é conhecida, mas existem evidências sugerindo que bactérias normais do intestino desencadeiam uma reação imunológica inadequada em pessoas com pré-disposição genética. 

A doença intestinal inflamatória afeta pessoas de todas as idades, mas, geralmente, começa antes dos 30 anos, entre 14 e 24 anos. Algumas pessoas têm seu primeiro ataque entre os 50 e 70 anos.

O sexo masculino é mais afetado que o sexo feminino. Parentes de primeiro grau (mãe, pai ou irmãos) de pessoas com DII têm de quatro a vinte vezes mais risco de desenvolverem tais doenças. A tendência de hereditariedade é mais elevada na doença de Crohn em relação à colite ulcerativa.

Às vezes, a DII pode afetar outras partes do corpo como, por exemplo, articulações, olhos, boca, fígado, vesícula biliar e pele. Essas doenças também elevam o risco de câncer em áreas afetadas do intestino. 

É possível que amostras de tecido do revestimento do trato digestivo sejam coletadas durante uma endoscopia (um exame do trato digestivo que utiliza um tubo de visualização) para serem examinadas ao microscópio na tentativa de encontrar evidências de outras causas da inflamação do cólon (colite) ou inflamação da última parte do intestino delgado (íleo).