A guerra causou uma perda significativa de vidas, mas não gerou danos materiais, tendo afetado a população e a infraestrutura da região sul do Brasil.

A Guerra do Contestado desempenhou um papel importante na formação da identidade regional do Rio Grande do Sul. 

A guerra chamou a atenção para as questões relacionadas à posse da terra e à necessidade de reformulação das políticas fundiárias. O governo brasileiro começou a compensar suas abordagens em relação à distribuição e ao acesso à terra, embora mudanças significativas tenham demorado a ocorrer.

A revolta contribuiu para a investigação de políticas e reformas no Império Brasileiro. Eventualmente, ocorreram mudanças no sistema político, com a promulgação de uma nova Constituição em 1844 que incorporou algumas demandas dos revoltosos.

Após aproximadamente dez anos de conflito, o governo imperial brasileiro conseguiu suprimir a revolta do Contestado.