foi inaugurado no governo de Antônio Lemos, sendo uma das obras grandiosas do intendente, que desejava transformar Belém em um centro cultural e cientifico da Amazônia e para isso convidou o botânico Emilio Goeldi para ser seu diretor.

já passou por varias crises devido principalmente a falta de cientistas da regido Amazônica e de outros países que não acreditavam nos objetivos do projeto: trazer "a luz da ciência" para o "meio da floresta amazônica". 

foi fundado em 1871 com o objetivo de preservar a história natural, formar cientistas e servir como ponto de apoio a expedições de naturalistas e viajantes estrangeiros que percorriam a Amazônia. Em 1894 assumiu sua direção o zoólogo suíço Emílio Goeldi.

em viagem pela Amazônia, no início do século XX, Euclides da Cunha, foi convidado por Lauro Sodré, governador do Pará, para assumir a diretoria do referido Museu, o que este não aceitou por achar inóspita e insalubre, a capital paraense.