As atividades de monitoramento dividem-se em duas etapas: a de aquisição de dados e a da utilização dos mesmos.

O monitoramento e a avaliação da qualidade são fatores primordiais para a adequada gestão dos recursos hídricos lóticos.

A gestão de rios, através do monitoramento da biota aquática é particularmente interessante em áreas desenvolvidas.

Para águas doces de classes 1 e 2, quando o nitrogênio for fator limitante para eutrofização, o valor de nitrogênio total (após oxidação) não deverá ultrapassar 2,18 mg/L para ambientes lóticos, na vazão de referência.

A aplicação de índices de qualidade de água pode contribuir para a gestão de corpos aquáticos lóticos.