Os municípios instituirão os mecanismos de financiamento específico para os Dseis, enquanto receberem apoio dos estados, do Distrito Federal e da União, sempre que houver necessidade de atenção secundária e terciária dentro dos territórios indígenas; ao passo que toda a atenção primária fica sob a responsabilidade dos estados, Distrito Federal e da União, em conformidade com os procedimentos hierárquicos do SUS.

O Subsistema de Atenção à Saúde Indígena deverá ser centralizado, hierarquizado e regionalizado, tendo como base os Distritos Sanitários municipais regulares e respeitando os limites geográficos dos estados e municípios conforme definidos em lei.

Dever-se-á obrigatoriamente levar em consideração a realidade local e as especificidades da cultura dos povos indígenas e o modelo a ser adotado para a atenção à saúde indígena, que se deve pautar por uma abordagem diferenciada e global, contemplando os aspectos de assistência à saúde, saneamento básico, nutrição, habitação, meio ambiente, demarcação de terras, educação sanitária e integração institucional.

O SUS servirá de retaguarda e referência ao Subsistema de Atenção à Saúde Indígena, sem necessidade de adaptações na estrutura e organização do SUS nas regiões onde residem as populações indígenas, pois como o apoio será pontual, não é necessário propiciar essa integração e o atendimento necessário em todos os níveis.

As populações indígenas não podem participar dos organismos colegiados de formulação, acompanhamento e avaliação das políticas de saúde, tais como o Conselho Nacional de Saúde e os Conselhos Estaduais e Municipais de Saúde, por serem tutelados pelo estado.