Sobre o emprego das medicações no sistema de canais radiculares, pode-se discutir o mecanismo de ação dos fármacos sobre as bactérias e os tecidos, que constitui o fundamento básico para a seleção de qualquer medicação intracanal. Dessa forma, as substâncias antimicrobianas do grupo dos antibióticos e/ou quimioterápicos promovem dois tipos de efeitos sobre os microrganismos, são eles: