A alternativa correta é a E.

Tema Central:

O tema central da questão é o uso do pipe no Bash, um interpretador de comandos do UNIX. Esta ferramenta é fundamental para processar e manipular dados via linha de comando, especialmente em áreas como bioinformática, onde arquivos em formato FASTA são comuns. O conhecimento necessário envolve comandos básicos de manipulação de texto e contagem de linhas no Bash.

Resumo Teórico:

No Bash, o pipe (simbolizado por |) permite que a saída de um comando seja usada como entrada para outro. O comando grep busca padrões em textos, enquanto wc (word count) pode contar linhas, palavras ou caracteres. O argumento -l no wc retorna o número de linhas.

Justificativa da Alternativa Correta (E):

A alternativa E utiliza os comandos de forma eficiente para contar o número de sequências no arquivo FASTA:

• cat arquivo.fasta: exibe o conteúdo do arquivo.
• grep “ˆ>”: filtra linhas que começam com '>', que são típicas de cabeçalhos de sequências no FASTA.
• wc -l: conta o número de linhas, ou seja, o número de sequências.

Análise das Alternativas Incorretas:

• A: grep “ˆ>” arquivo.fasta | wc -m conta caracteres, não sequências.
• B: cat arquivo.fasta | grep “ˆ>” | cat -n | tail -n 1 lista o número da última linha de cabeçalho, não o total.
• C: cat arquivo.fasta | wc -l conta todas as linhas, incluindo sequências e cabeçalhos.
• D: grep -c “ˆ>” arquivo.fasta | wc busca contar diretamente, mas o wc é desnecessário e incorretamente utilizado.

Conclusão: A alternativa E é a única que implementa corretamente a contagem das linhas de cabeçalho, representando o número de sequências no arquivo.

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