São categorizados como nível secundário de atenção/assistência:

• Centros de Especialidades Médicas (CEM): Locais onde os pacientes são consultados por especialistas (cardiologistas, ortopedistas, neurologistas, ginecologistas de alto risco, etc.) após encaminhamento da UBS.
• CEOs (Centros de Especialidades Odontológicas): Unidades voltadas para procedimentos odontológicos mais complexos, como endodontia (canal), cirurgias bucomaxilofaciais e próteses.

• Clínicas e Laboratórios Especializados: Unidades que realizam exames que exigem maior tecnologia do que os exames de rotina da atenção básica, tais como:
• Radiografias contrastadas, ultrassonografias complexas, tomografias computadorizadas e ressonâncias magnéticas (embora algumas tomografias/ressonâncias de alta complexidade possam migrar para o nível terciário).
• Ecocardiogramas, endoscopias e colonoscopias.
• Fisioterapia, fonoaudiologia e terapia ocupacional especializadas.

• UPAs 24h (Unidades de Pronto Atendimento): Estruturas complexas de urgência que conseguem estabilizar o paciente, realizar exames rápidos (raio-X, laboratoriais) e decidir por internação ou alta, funcionando como elo entre a atenção básica e os hospitais.
• Pronto-Socorros não hospitalares: Unidades de atendimento imediato para casos de gravidade moderada.

• CAPS (Centros de Atenção Psicossocial): Unidades nas modalidades CAPS I, II, III, CAPS AD (Álcool e Drogas) e CAPS i (Infantil), que atendem pessoas com transtornos mentais graves e persistentes.