A avaliação funcional da deglutição com alimentos deve ser realizada a partir de dados previamente levantados e da avaliação estrutural. Em pacientes sem via oral, a definição de consistência e volume deve ser feita primeiramente pelo médico.

Qualquer paciente que for submetido à intubação orotraqueal por um período maior ou menor do que 48 horas tem critério de risco para disfagia com indicação para avaliação fonoaudiológica da deglutição.

Em pacientes traqueostomizados, é possível realizar a avaliação da biodinâmica da deglutição e identificar sinais clínicos de aspiração. Além disso, o Blue Dye Test ou teste do corante azul foi originalmente descrito para identificar sinais de aspiração de alimento nesses casos.

A avaliação biomecânica da fase faríngea da deglutição é possível ser realizada a partir da avaliação clínica funcional, verificando a competência velofaríngea, a elevação e estabilização hiolaríngea, estase em recessos piriformes e a habilidade de proteção das vias aéreas.

Ter critério de risco para disfagia não necessariamente significa que há elegibilidade para a realização da avaliação. É critério de enquadramento para avaliação fonoaudiológica, entre outros fatores, a estabilidade neurológica, do ponto de vista de estado de alerta e atenção.