Existem kits que fornecem métodos rápidos para isolamento de RNA baseados em colunas de purificação, entretanto, tais kits não garantem o isolamento e a preservação de pequenos RNAs como microRNAs.

A preparação da biblioteca de microRNA para sequenciamento requer a ligação de adaptadores específicos na extremidade 5´ dos microRNAs, que serão utilizados na reação de transcrição reversa para obtenção de cDNA e subsequente e amplificação e sequenciamento. 

A preparação da biblioteca de microRNA requer a ligação de adaptadores específicos nas extremidades 5’ e 3’ dos microRNAs, que são importantes para clonagem em vetores plasmidiais os quais serão utilizados nas reações subsequentes de sequenciamento.

A biblioteca de cDNA obtida por transcrição reversa é utilizada para o sequenciamento de nova geração (NGS) como Illumina, para gerar sequências de leitura curtas (short reads) dos microRNAs.

A biblioteca em vetores plasmidiais, contendo os insertos de microRNAs, é usada para as reações de amplificação, sequenciamento e identificação do perfil de microRNAs.