Os testes moleculares (PCR) para pesquisa de vírus respiratórios são usados especialmente para pacientes imunodeprimidos ou aqueles com maior susceptibilidade a infecções graves. Há 7 grandes famílias de vírus respiratórios de importância médica: Adenovírus, Vírus Sincicial Respiratório, Influenza, Parainfluenza, Metapneumovírus, Rinovírus e Coronavírus. Estes agentes podem produzir infecções respiratórias altas, mas também quadros de infecção em trato respiratório inferior. Em geral, o quadro clínico não permite distinguir o agente infeccioso e, algumas bactérias também produzem infecções respiratórias do trato inferior semelhantes a infecções virais. Portanto, um teste sindrômico que inclui os principais agentes de infecções respiratórias (virais e pneumonias atípicas) é muito útil em pacientes imunodeprimidos, transplantados ou em tratamento de câncer. A amostra ideal para a pesquisa de infecção por estes agentes no trato respiratório superior é: