Na preparação de fezes com fins de diagnóstico parasitológico, são investigadas as presenças de cistos e trofozoítos de helmintos e ovos de protozoários que possam causar transtornos à saúde humana. É possível a visualização de estruturas não patogênicas como algumas amebas comensais como a Entamoeba coli, que habita o intestino grosso.