A solução alcalina desestabiliza a interação entre os pares de bases complementares e causa a separação e a precipitação das duas fitas de DNA plasmidial, mantendo o DNA cromossômico intacto em solução.

Detergentes aniônicos fortes promovem a superespiralização dos plasmídeos, o que leva a sua precipitação. Isso permite a sua separação do DNA genômico que se mantém em solução.

Durante a lise, as proteínas bacterianas, a parede celular quebrada e o DNA plasmidial desnaturado formam grandes complexos que são cobertos pelo SDS. 

A exposição de suspensões bacterianas a detergentes aniônicos fortes em alto pH abre a parede celular, desnatura o DNA cromossômico e as proteínas e libera o DNA no sobrenadante.

Os complexos de proteínas, a parede celular e o DNA cromossômico ficam em solução quando íons sódio são trocados por íons potássio. Assim, nessa etapa, o DNA plasmidial precipitado pode ser recuperado por centrifugação e o restante (em solução), descartado.