As farmácias são obrigadas a centralizar em um de seus estabelecimentos, as atividades do controle de qualidade sem prejuízo do controle em processos necessários para avaliação das preparações manipuladas.

As farmácias de manipulação devem possuir laboratórios de manipulação funcionando em todas elas, não sendo permitidas filiais ou postos exclusivamente para coleta de receitas.

As farmácias de manipulação não podem transformar especialidade farmacêutica, em caráter excepcional, quando da indisponibilidade da matéria-prima no mercado e ausência da especialidade na dose e concentração ou forma farmacêutica adequada ao paciente.  

Quando a dose ou posologia dos produtos prescritos ultrapassar os limites farmacológicos ou a prescrição apresentar incompatibilidade ou interações potencialmente perigosas, o farmacêutico pode manipular a prescrição médica, consultando a literatura cientifica que embase a necessidade observada. 

A prescrição do medicamento a ser manipulado deverá ser realizada em receituário próprio a ser proposto em regulamentação específica, contemplando a composição e a forma farmacêutica de maneira clara, para a manipulação.