O assoalho do terceiro ventrículo estende-se do quiasma óptico ao aqueduto cerebral, sendo formado exclusivamente por estruturas mesencefálicas, com os corpos mamilares localizados na porção anterior. 

A geometria endoscópica do terceiro ventrículo é cônica com ápice na profundidade (igual à microscopia), permitindo visualização simultânea de estruturas ao longo do tubo do endoscópio.

O infundíbulo forma uma eminência transversal anterior no assoalho, com coloração azul-translúcida. O tubérculo cinéreo é avermelhado e posterior aos corpos mamilares. 

Os corpos mamilares são referências anatômicas essenciais para a TVE, localizados posteriormente ao túber cinéreo no assoalho do terceiro ventrículo. A perfuração segura é realizada no espaço entre o infundíbulo e os corpos mamilares, idealmente anterior ao processo basilar do dorso da sela.

O terceiro ventrículo é uma cavidade bilocular em forma de funil, comunicando-se com os ventrículos laterais via aqueduto cerebral e com o quarto via forame de Monro.