Os agroecossistemas apresentam o fluxo de energia mais fechado, com fontes de energia da força humana, da tração animal, e combustíveis fósseis, cuja energia é aplicada direta ou indiretamente ao agroecossistema.

Os agroecossistemas possuem ciclagem de nutrientes mais aberta, com entrada de nutrientes pela adição de fertilizantes industriais e orgânicos, e maiores saídas devido à intensificação de processos de perda (erosão, lixiviação, etc.) e à exportação pela colheita.

Os agroecossistemas apresentam maior capacidade de autorregulação, com o uso de controles artificiais de populações indesejadas, com maior capacidade de resposta aos estímulos ambientais.

Os agroecossistemas modernos são o tipo que mais se assemelham aos ecossistemas, com baixo grau de artificialização das condições ambientais, sendo pouco dependentes de insumos industrializados e adquiridos no mercado.

Os agroecossistemas tradicionais são altamente dependentes de insumos comerciais, possuem baixo grau de diversidade e baixa ciclagem de nutrientes, apresentando uma série de desvantagens ambientais.