A seleção de medicamentos é o eixo do ciclo da Assistência Farmacêutica, pois todas as outras atividades são concorrentes dela. 

Cada município possui a prerrogativa de determinar quais medicamentos serão selecionados para compor o seu elenco, com base no perfil de morbimortalidade e nas prioridades estabelecidas, de modo a contribuir na resolubilidade terapêutica, no custo-benefício dos tratamentos, na racionalidade da prescrição, na correta utilização dos medicamentos, além de propiciar maior eficiência administrativa e financeira. 

É a atividade responsável pelo estabelecimento da relação de medicamentos, sendo uma medida decisiva para assegurar o acesso a eles. 

A seleção deve ser realizada por uma Comissão Municipal de Farmacologia e Terapêutica, com o objetivo de estabelecer a Relação Municipal de Medicamentos, definindo os medicamentos a serem disponibilizados pela Secretaria de Saúde para a atenção básica, média ou para a alta complexidade.