A Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) é um exemplo de agência de fomento cuja atividade está limitada a beneficiar pesquisadores ligados a instituições de pesquisa dos Estados membros da federação brasileira, mas não a instituições estrangeiras.

A Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) pode ser considerada agência de fomento voltada principalmente a financiar pesquisa desenvolvida em empresas.

O Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq), ligado ao Ministério da Ciência, Tecnologia, Inovações e Comunicações, concede bolsas de pesquisa para o desenvolvimento da pesquisa científica e tecnológica.

O CNPq, a CAPES e a FAPESP são legalmente impedidos de prestar simultaneamente auxílios aos mesmos projetos de pesquisa.

A CAPES, vinculada ao Ministério da Educação, opera fundamentalmente com auxílios à pesquisa, mas não com bolsas.